Die Pfarrkirche, dem heiligen Thomas geweiht, verbindet einen spätgotischen Kern mit der barocken Baukunst des 17. Jahrhunderts. Chorraum und Turm stammen aus der Gotik, während Langhaus, Sakristei und Oratorien barock erweitert wurden. Auch die barocke Innenausstattung ist weitgehend erhalten geblieben. Im 19. Jahrhundert kam die Orgelempore hinzu.

Die seelsorglichen Wurzeln reichen bis ins Hochmittelalter: Zwischen 1000 und 1200 wurde das Gebiet von Großweikersdorf aus betreut, dessen Mutterpfarre zur Kirche Altenwörth des Klosters Passau gehörte. Um 1200 übernahm die neu gegründete Pfarre Glaubendorf die Seelsorge für Großwetzdorf, Kleinwetzdorf und vermutlich auch Rohrbach. Noch im 14. Jahrhundert entstand — nach der Loslösung Rohrbachs von Großweikersdorf — eine eigene Pfarre, die auch Wetzdorf betreute. In den Wirren der Reformation ging die Pfarre Rohrbach um 1550 wieder unter.

Der Gutsherr Lorenz Radlbrunner zog später die Pfarrpfründe der St.-Thomas-Kapelle ein und schlug sie seinem Besitz zu. Die Pfarre blieb unbesetzt und wurde zeitweise von einem protestantischen Prediger aus Rohrbach mitversorgt. Nach der Gegenreformation wurden Taufen, Trauungen und Begräbnisse weiterhin in Rohrbach gefeiert. Erst die Reformen Kaiser Josephs II. brachten klare Strukturen: 1783 wurde die Pfarre Wetzdorf neu gegründet und der Erzdiözese Wien zugeteilt.

Seit 1999 gehört die Pfarre zum Pfarrverband Großweikersdorf, der 2017 erweitert wurde und nun Pfarrverband Mittleres Schmidatal heißt.

Die Pfarre besitzt ein Werk von Franz Xaver Bobleter, einem der bekanntesten Vertreter der österreichischen Malerei zwischen Klassizismus und Biedermeier. 1826 wurde der Künstler von einer Familie nach Krems in der Wachau eingeladen, wo er den Auftrag für ein Altarbild des Ungläubigen Thomas für die Pfarrkirche Großwetzdorf erhielt.

Das Bild, das ursprünglich vor 200 Jahren seinen Platz in der Pfarrkirche hatte, wurde im Zuge einer Innenraumgestaltung verkauft und gelangte in den Besitz der Stadlermühle. Inzwischen wurde es der Kirche wieder zurückgegeben; leider ist es heute stark beschädigt.